Le séminaire du LSV

Le séminaire du LSV a lieu le mardi à 11h00. Le lieu habituel est la salle de conférences au Pavillon des Jardins (plan d'accès). Pour être informé par email des prochains séminaires, contacter Stéphane Le Roux and Matthias Fuegger.

Le séminaire du LSV est public et ne nécessite aucune inscription préalable.

Séminaires passés

BioModel Engineering - a Petri Net Perspective

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 Monika Heiner
Date
Le mardi 01 octobre 2013 à 11:00
Lieu
Salle de Conférence (Pavillon des Jardins)
Orateur
Monika Heiner (Brandenburg University of Technology at Cottbus)

The talk describes a Petri net-based framework to model and analyse biochemical networks, such as gene regulatory, signal transduction or metabolic networks. The framework comprises the qualitative, stochastic, and continuous modelling paradigms.

Each perspective adds its contribution to the better understanding of the biochemical system under study. This will be illustrated by two examples showing how structural analysis techniques, specifically Petri net T-invariants, may be of help.

First, a technique is discussed supporting modularisation and hierarchical representation of a given network by network coarsening. Second, a case study is presented where structural analysis helps to identify the core network and fragile nodes of a continuous network in the steady-state interpretation.


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